Макромолекулярный докинг

Макромолекулярный докинг — это метод молекулярного моделирования четвертичной структуры комплексов, образованных двумя или более взаимодействующими биологическими макромолекулами. Чаще всего исследуются белок-белковые комплексы, реже — белок-нуклеиновые.

Конечной целью докинга является предсказание трёхмерной структуры изучаемого макромолекулярного комплекса в естественной среде. Результатом докинга является набор моделей комплекса (структур). Они могут быть ранжированы различными методами, такими как оценочная (скоровая, скоринг, скор-) функция для отбора наиболее правдоподобных (с большей долей вероятности встречающихся в организме).

Термин «докинг» или «стыковка» появился в конце 1970-х в значении моделирования стыковки двух молекул, при котором ориентация последних не менялась (менялось только положение). С увеличением компьютерных мощностей стало возможно разрешить изменение ориентации партнёров, такой вариант докинга называется «rigid docking» или докинг жёстких тел («rigid body»). Следующим шагом стал переход к «гибкому докингу» («flexible docking»), при котором изменяется внутренняя геометрия (конформация) партнёров.